พระราชบัญญัติส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา พ.ศ. 2560 มาตรา 6 กำหนดให้มีคณะกรรมการส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา โดยมีอำนาจหน้าที่ในการเสนอแผนการพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญาต่อคณะรัฐมนตรีเพื่อพิจารณาอนุมัติ กำหนดแนวทางให้หน่วยงานของรัฐดำเนินการให้เป็นไปตามแผน กำหนดรูปแบบของสัญญา ส่งเสริมให้มีการทำประกันภัยในระบบเกษตรพันธสัญญา เสนอแนะหน่วยงานของรัฐให้ตราหรือแก้ไขกฎหมายเกี่ยวกับการส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา และให้คำแนะนำหน่วยงานของรัฐในการแก้ไขปัญหาและอุปสรรคที่เกิดขึ้นจากการทำสัญญา และมาตรา 14 กำหนดให้สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ทำหน้าที่เป็นสำนักงานเลขานุการของคณะกรรมการส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา เพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานตามอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการฯ รวมทั้ง พระราชบัญญัติฯ ยังได้กำหนดให้สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง
กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จึงได้มีคำสั่งที่ 512/2560 ลงวันที่ 2 มิถุนายน 2560 เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานเลขานุการคณะกรรมการส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา เพื่อจัดตั้ง 1. ทำหน้าสำนักงานเลขานุการคณะกรรมการส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา ขึ้น โดยมีสถานะเทียบเท่ากองอยู่ในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เพื่อทำหน้าที่
1. ทำหน้าที่เป็นสำนักงานเลขานุการของคณะกรรมการส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา และเลขานุการคณะกรรมการไกล่เกลี่ยข้อพิพาท และคณะกรรมการเปรียบเทียบรับผิดชอบงานธุรการของคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการ และคณะทำงานที่เกี่ยวข้อง
2. รวบรวมและวิเคราะห์ข้อมูลและสภาพปัญหาเกี่ยวกับการทำเกษตรกรรมในระบบเกษตรพันธสัญญาเสนอต่อคณะกรรมการ เพื่อประกอบการพิจารณาในการดำเนินการตามอำนาจหน้าที่
3. จัดให้มีการศึกษาวิจัยหรือสนับสนุนการศึกษาวิจัยเพื่อพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญที่เป็นธรรม
4. พิจารณาปัญหาเกี่ยวกับระบบเกษตรพันธสัญญา และนำเสนอคณะกรรมการ เพื่อพิจารณาดำเนินการให้คำแนะนำหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องในการแก้ไขปัญหาและอุปสรรคที่เกิดขึ้นจากการทำสัญญาในระบบเกษตรพันธสัญญาโดยต้องคำนึงถึงอำนาจหน้าที่ตามกฎหมายของหน่วยงาน
5. เผยแพร่ ให้ความรู้ และให้คำแนะนำแก่เกษตรกรในการทำสัญญา การเข้าถึงแหล่งเงินทุน เทคโนโลยีทางการเกษตรที่เกี่ยวข้องในระบบเกษตรพันธสัญญา และการทำเกษตรกรรมในระบบเกษตรพันธสัญญา
6. ดำเนินการเกี่ยวกับการจดแจ้ง จัดทำและยกเลิกทะเบียนผู้ประกอบธุรกิจทางการเกษตร รวมทั้งเพื่อเปิดเผยให้ประชาชนสามารถตรวจสอบได้ ตลอดจนปรับปรุงระบบทะเบียนให้เป็นปัจจุบัน
7. ดำเนินการเกี่ยวกับกระบวนการไกล่เกลี่ยข้อพิพาทที่เกิดขึ้นจากสัญญาในระบบเกษตรพันธสัญญา
8. ดำเนินการเกี่ยวกับการเปรียบเทียบปรับในกรณีการกระทำความผิดที่กำหนดในพระราชบัญญัติส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา
9. ศึกษาและจัดทำข้อพิจารณาเพื่อเสนอรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ใช้อำนาจตามที่กำหนดในพระราชบัญญัติส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา
10. ติดตามและประสานงานกับหน่วยงานและภาคส่วนที่เกี่ยวข้องกับการทำการเกษตรในระบบเกษตรพันธสัญญาเพื่อดำเนินการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธสัญญา
11. ปฏิบัติการอื่นใดตามที่ได้รับมอบหมาย