การผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์นั้นมีหัวใจสำคัญคือต้องไม่มีการใช้สารเคมีใดๆในขั้นตอนการผลิต ซึ่งการตรวจสอบสินค้าเกษตรอินทรีย์นั้นไม่ใช่การตรวจสอบเฉพาะสินค้าที่ผลิตแล้วเท่านั้น แต่กระบวนการตรวจสอบจะต้องย้อนไปตรวจสอบถึงแหล่งผลิต ตั้งแต่ดินที่จะใช้ปลูก น้ำ สภาพแวดล้อม รวมทั้งปัจจัยการผลิตต่างๆไม่ว่าจะเป็นเมล็ดพันธุ์ ปุ๋ย และสารกำจัดแมลง ซึ่งปัจจัยเหล่านี้ต้องไม่มีการปนเปื้อนของสารเคมี และไม่มีการใช้สารตัดแต่งพันธุกรรมในการผลิต ซึ่งเกษตรกรที่ต้องการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ต้องสมัครขอรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์จากหน่วยงานตรวจสอบรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ โดยหลักการเลือกพื้นที่สำหรับทำเกษตรอินทรีย์นั้นต้องเป็นพื้นที่ที่ไม่เคยทำการเกษตรทั่วๆไปที่มีการใช้สารเคมีมาไม่น้อยกว่า 3 ปี อยู่ห่างจากโรงงานอุตสาหกรรม อยู่ห่างจากแปลงที่ใช้สารเคมีและปุ๋ยเคมี และมีแหล่งน้ำที่ปลอดสารพิษ หลังจากนั้นเกษตรกรจะเข้าสู่ระยะปรับเปลี่ยนซึ่งถือเป็นช่วงการฟื้นฟูสภาพแวดล้อมและความอุดมสมบูรณ์ของดิน โดยทั่วไปช่วงระยะการปรับเปลี่ยนของการที่ผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ประเภทพืชล้มลุก(ผักและพืชไร่)จะใช้เวลาประมาณ 12 เดือน ส่วนการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ประเภทไม้ยืนต้นช่วงระยะการปรับเปลี่ยนจะใช้เวลาประมาณ 18 เดือน เมื่อผ่านระยะการปรับเปลี่ยนแล้วผลผลิตสินค้าเกษตรที่ได้จึงจะถือว่าเป็นสินค้าเกษตรอินทรีย์

      ในปัจจุบันผู้บริโภคจะพบสินค้าเกษตรที่วางจำหน่ายในซุปเปอร์มาร์เก็ตที่ระบุว่าสินค้าเกษตรอินทรีย์ สินค้าเกษตรไร้สารพิษหรือสินค้าเกษตรปลอดสารพิษ สินค้าเกษตรปลอดภัยจากสารพิษหรือสินค้าเกษตรอนามัย และสินค้าเกษตรทั่วๆไป ผู้บริโภคจะเลือกซื้อสินค้าเกษตรเหล่านี้ได้โดยการพิจารณาตรารับรองเป็นหลัก ตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์ในตลาดโลกนับว่าเป็นตลาดขนาดใหญ่ โดยคาดว่ามูลค่าการตลาดของสินค้าเกษตรอินทรีย์ในปี 2546สูงถึง 30,000 ล้านดอลลาร์สหรัฐฯ เทียบกับในปี 2540 ที่มีมูลค่าเพียง 10,000 ล้านดอลลาร์สหรัฐฯ (อัตราการเจริญเติบโตในแต่ละตลาดแตกต่างกันอยู่ที่อัตราการเติบโตประมาณร้อยละ 10-50) และคาดว่าในระยะ 5 ปีต่อไปตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์ยังคงขยายตัวอยู่ในเกณฑ์สูงอย่างต่อเนื่อง โดยมีการคาดการณ์ว่าในปี 2551มูลค่าการค้าสินค้าเกษตรอินทรีย์ในตลาดโลกจะเพิ่มขึ้นเป็น 100,000 ล้านดอลลาร์สหรัฐฯ โดยคาดว่าอัตราการขยายตัวของตลาดเฉลี่ยสูงถึงร้อยละ 20-30 ต่อปี ตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์ที่สำคัญในปัจจุบันคือ สหรัฐฯ สหภาพยุโรป(โดยเฉพาะเยอรมนี อังกฤษ และฝรั่งเศส) และญี่ปุ่น สำหรับในอนาคตตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์ที่มีอัตราการขยายตัวอย่างโดดเด่นคือ ญี่ปุ่นและสิงคโปร์

      ปัญหาในระยะที่ผ่านมาสำหรับการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ในประเทศไทย คือ

      1.ความสับสนของเกษตรกรและผู้บริโภคในเรื่องมาตรฐานผลผลิตของเกษตรอินทรีย์และอาหารสุขภาพอื่นๆ โดยเฉพาะความแตกต่างของมาตรฐานผลผลิตเกษตรปลอดภัยจากสารพิษหรือสินค้าเกษตรอนามัยและเกษตรอินทรีย์ ซึ่งผู้บริโภคส่วนใหญ่ยังมีความเข้าใจว่าผลิตภัณฑ์ปลอดสารพิษหรือไร้สารพิษคือผลิตภัณฑ์เกษตรอินทรีย์ เนื่องจากเกษตรกรและผู้บริโภคยังไม่มีความรู้เพียงพอในการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ ซึ่งในประเด็นนี้ทางหน่วยราชการที่เกี่ยวข้องและภาคเอกชนต้องเร่งดำเนินการส่งเจ้าหน้าที่ออกไปให้คำแนะนำและให้คำปรึกษากับเกษตรกร รวมทั้งการให้ความรู้ที่ถูกต้องแก่ผู้บริโภค ทั้งนี้เพื่อส่งเสริมให้มีการผลิตและการบริโภคสินค้าเกษตรอินทรีย์ นอกจากนี้การเร่งประชาสัมพันธ์ให้ผู้บริโภคเข้าใจในเรื่องสินค้าเกษตรอินทรีย์ ทั้งนี้เพื่อขยายฐานผู้บริโภคสินค้าเกษตรอินทรีย์ในประเทศให้เพิ่มมากขึ้น นอกจากนี้การประชาสัมพันธ์ถึงหลักเกณฑ์การผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ของไทยที่อิงมาตรฐานสากลก็จะมีส่วนช่วยอย่างมากต่อการขยายการส่งออกสินค้าเกษตรอินทรีย์ของไทย

      สินค้าเกษตรอินทรีย์ที่น่าสนใจสำหรับเกษตรกรไทย คือ ข้าว ผักผลไม้เมืองร้อน เครื่องเทศ สมุนไพร ชา กาแฟ ผลิตภัณฑ์ปศุสัตว์ และผลิตภัณฑ์ประมงโดยเฉพาะผลิตภัณฑ์จากการเพาะเลี้ยงชายฝั่ง ซึ่งสินค้าเหล่านี้ไทยมีความได้เปรียบในการผลิต และสินค้าไทยเป็นที่รู้จักอย่างดีในตลาดโลก ดังนั้นการหันมาผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ในประเภทที่ได้รับการรับรองจากหน่วยงานราชการเท่ากับเป็นการเพิ่มทางเลือกให้กับผู้บริโภคทั้งในประเทศและต่างประเทศ

      2.ปัจจุบันมีการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์เพียงไม่กี่ชนิด เนื่องจากประเทศไทยยังอยู่ในช่วงระยะเริ่มต้นของการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ การผลิตจึงยังเป็นการผลิตแบบง่ายๆที่ไม่ได้ใช้เทคโนโลยีที่ซับซ้อน และเป็นการผลิตสินค้าเกษตรพื้นฐาน เช่น ข้าว ผัก ผลไม้สด เป็นต้น การแปรรูปผลิตภัณฑ์ยังมีอยู่น้อย เพราะวัตถุดิบมีปริมาณไม่มากและปริมาณการผลิตยังขาดความต่อเนื่อง คาดว่าปัจจุบันมีผลผลิตเกษตรอินทรีย์ที่จำหน่ายออกสู่ตลาดอยู่ประมาณไม่เกิน 6,000 ตันต่อปี

      หน่วยงานที่เกี่ยวข้องต้องเร่งให้การส่งเสริมและคำปรึกษา ทั้งนี้เพื่อให้เกษตรกรมีความมั่นใจทั้งในด้านการผลิตและการตลาด ซึ่งการเพิ่มความหลากหลายของสินค้าและการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ให้ตรงกับความต้องการของผู้บริโภคจะเป็นการช่วยในการเจาะขยายตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์ทั้งในประเทศและต่างประเทศ

      3.ราคาสินค้าเกษตรอินทรีย์อยู่ในเกณฑ์สูง เมื่อเปรียบเทียบแล้วราคาสินค้าเกษตรอินทรีย์แพงกว่าสินค้าเกษตรทั่วไปเฉลี่ยประมาณร้อยละ 15-30 ในกรณีของเกษตรกรรายย่อย และประมาณร้อยละ 5-10 ในกรณีของเกษตรกรรายใหญ่หรือเกษตรกรที่รวมตัวกันเป็นเครือข่ายหรือสหกรณ์ ทำให้ตลาดยังจำกัดอยู่เฉพาะในกลุ่มผู้มีรายได้สูง สาเหตุที่สินค้าเกษตรอินทรีย์มีราคาแพงก็เพราะต้นทุนการผลิตอยู่ในเกณฑ์สูง อันเป็นผลจากผลผลิตเฉลี่ยต่อไร่อยู่ในเกณฑ์ที่ต่ำกว่าการทำเกษตรกรรมปกติ และต้องใช้แรงงานในการดูแลโดยเฉพาะในเรื่องการกำจัดแมลงศัตรูมากกว่า นอกจากนี้การผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์มีโอกาสที่จะถูกศัตรูพืชสร้างความเสียหายได้ง่ายถ้าเกษตรกรไม่รู้จักวิธีป้องกันอย่างถูกวิธี ทำให้เมื่อคำนวณต้นทุนการผลิตแล้วจะสูงกว่าสินค้าเกษตรทั่วไป อย่างไรก็ตามคาดว่าเมื่อมีการส่งเสริมการผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์เพิ่มมากขึ้น ราคาสินค้าเกษตรอินทรีย์มีแนวโน้มจะลดลง และมีความหลากหลายมากยิ่งขึ้น

      ในด้านการส่งออกสินค้าเกษตรอินทรีย์ถือเป็นธุรกิจใหม่ที่มีอนาคต ไทยสามารถส่งออกสินค้าเกษตรอินทรีย์มูลค่าประมาณ 800 ล้านบาท ซึ่งนับว่าเป็นสัดส่วนที่น้อยมากเมื่อเทียบกับการส่งออกสินค้าเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตรทั้งหมด แต่ก็นับว่าเป็นตลาดที่น่าสนใจ เนื่องจากมีอัตราการขยายตัวประมาณร้อยละ 20-30 ต่อปี โดยสินค้าเกษตรอินทรีย์ของไทยที่มีแนวโน้มการส่งออกที่แจ่มใสคือ ข้าว กาแฟ พืชผัก ผลไม้ เครื่องเทศและสมุนไพร โดยเฉพาะข้าวหอมมะลิที่มีคำสั่งซื้อจากตลาดสหภาพยุโรปอย่างต่อเนื่อง และผลผลิตในปัจจุบันยังไม่เพียงพอต่อความต้องการ นอกจากนี้ผลไม้อินทรีย์จำพวกมังคุด กล้วยหอม และทุเรียน ตลอดจนผักจำพวกหน่อไม้ฝรั่ง ข้าวโพดฝักอ่อน ข้าวโพดหวาน รวมทั้งผักในตระกูลสลัดทั้งหมดล้วนแต่เป็นที่ต้องการของตลาดต่างประเทศ