สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ มีภารกิจเกี่ยวกับการพัฒนายุทธศาสตร์ แปลงนโยบายของกระทรวงเป็นแผนปฏิบัติ จัดสรรทรัพยากรและบริหารราชการทั่วไปของกระทรวงที่มิได้กำหนดให้เป็นหน้าที่ของส่วนราชการใดในสังกัดกระทรวงโดยเฉพาะ รวมทั้ง กำกับและเร่งรัด ตรวจสอบ และติดตาม การปฏิบัติราชการของส่วนราชการในสังกัดกระทรวงให้บรรลุเป้าหมาย และเกิดผลสัมฤทธิ์ตามภารกิจของกระทรวง