แต่เดิมในอดีต... สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดชัยนาท เคยเป็น "ศูนย์วิจัยการเกษตรลุ่มน้ำเจ้าพระยา" มาก่อน ซึ่งศูนย์วิจัยการเกษตรลุ่มน้ำเจ้าพระยาเป็นหน่วยงานที่ได้รับการจัดตั้งขึ้นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2508 ตามข้อผูกพันกับธนาคารโลก มีเนื้อที่รวมทั้งสิ้น 730 ไร่ แต่เนื่องจากหน้าที่ความรับผิดชอบครอบคลุมพื้นที่ภาคกลางจึงมีการเปลี่ยนแปลงชื่อหน่วยงานอีกครั้งตามข้อเสนอของ ม.ร.ว จักรทอง ทองใหญ่ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในขณะนั้น จากเดิมชื่อว่า "ศูนย์เกษตรลุ่มน้ำเจ้าพระยา" มาเป็น "สำนักงานเกษตรภาคกลาง" 

     จนกระทั่ง เมื่อปี พ.ศ. 2534 คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2534 อนุมัติให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด โดยให้ทำการนำล่องจัดตั้งใน 4 จังหวัด ที่มีสำนักงานเกษตรภาคตั้งอยู่ คือ จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดขอนแก่น จังหวัดสงขลา และจังหวัดชัยนาท ดังนั้น สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดชัยนาท จึงเป็นจังหวัดที่นำล่อง จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน 2535

     ต่อมา ปี พ.ศ.2537 สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (สำนักงาน ก.พ.) ร่วมกับกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้ทำการประเมินผลการปฏิบัติงานของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดนำล่อง ทั้ง 4 แห่ง ผลการปฏิบัติงานอยู่ในระดับที่น่าพอใจ คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติเมื่อวันที่ 13 กันยายน 2537 เห็นชอบให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จัดตั้ง "สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด" เป็นการถาวร ดังนั้น ในปี พ.ศ. 2538 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จึงได้จัดตั้ง สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด ขึ้นเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2538 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่มที่ 112 ตอนที่ 6 ก ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2538

     สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดชัยนาท เป็นราชการส่วนภูมิภาค มีฐานะเทียบเท่ากอง สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตามคำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ที่ 586/2538 ลงวันที่ 31 สิงหาคม 2538