คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2534 อนุมัติให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด โดยให้มีการทดลองจัดตั้งขึ้น 4 จังหวัด ที่มีสำนักงานเกษตรภาคตั้งอยู่ก่อน คือ จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดขอนแก่น จังหวัดชัยนาท และจังหวัดสงขลา
ต่อมาในปี 2537 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ร่วมกับสำนักงาน ก.พ.ได้ทำการประเมินผลการปฏิบัติงานของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดทั้ง 4 แห่ง ผลารปฏิบัติงานอยู่ในระดับ ที่น่าพอใจ คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติเมื่อวันที่ 13 กันยายน 2537 เห็นชอบให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์เป็นการถาวรได้ โดยให้รวมงานด้านการปฏิบัติการของหน่วยงานในสังกัดจังหวัด เข้ามาอยู่ภายใต้การกำกับดูแลกระทรวงเกษตรและสหกรณ์จังหวัด ภายใน 3 ปี ดังนั้นกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จึงได้จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดขึ้นเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงฯ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2538 ประกาศในราชกิจจานุเบกษาฉบับกฤษฎีกา เล่มที่ 112 ตอนที่ 6 ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2538
สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดกระบี่ ได้จัดตั้งสำนักงานเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2541