คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2534 อนุมัติให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดโดยให้มีการทดลอง จัดตั้งใน 4 จังหวัด ที่มีสำนักงานเกษตรภาคตั้งอยู่ก่อน คือ จังหวัดเชียงใหม่ ขอนแก่น ชัยนาท และสงขลา ต่อมาในปี 2537 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ร่วมกับสำนักงาน ก.พ.ได้ทำการประเมินผลการปฏิบัติงานของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดทั้ง 4 แห่ง ผลการปฏิบัติงานอย่ในระดับที่น่าพอใจ คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติ เมื่อวันที่ 13 กันยายน 2537 เห็นชอบให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดเป็นการถาวรได้ โดยได้รวมงานด้านการปฏิบัติการของหน่วยงานในสังกัดจังหวัดเข้ามาอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดภายใน 3 ปี ดังนั้น กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จึงได้จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด ขึ้นเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาคสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์

กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2538 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม 112 ตอนที่ 6 ก ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2538 สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดนราธิวาสเริ่มก่อตั้งเมื่อวันที่ 5 กันยายน 2539 โดยมีนายสมบัติ มณฑาทอง ดำรงตำแหน่งเกษตรและสหกรณ์จังหวัดนราธิวาสเป็นคนแรก