คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2534 อนุมัติให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด โดยให้ทดลองจัดตั้งขึ้นใน 4 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดเชียงใหม่ ชัยนาท ขอนแก่น และจังหวัดสงขลา ผลการปฏิบัติงานอยู่ในระดับที่น่าพอใจ ต่อมาคณะรัฐมนตรีได้มีมติ เมื่อวันที่ 13 กันยายน 2537 เห็นชอบให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดขึ้น เป็นงานราชการส่วนภูมิภาค สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2538 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม 112 ตอนที่ 6 ก ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2538 เพื่อที่จะเป็นตัวแทนกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ประจำจังหวัดเป็นการถาวร เช่นเดียวกับกระทรวงหลักอื่นๆ ในการประสานกับราชการส่วนภูมิภาค รวมทั้งราชการส่วนกลางที่ตั้งอยู่ในจังหวัด ทั้งในสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และส่วนราชการนอกสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ซึ่งได้จัดตั้งให้ครบทุกจังหวัดทั่วประเทศ ในปี 2540 “สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดปัตตานี” ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อปี 2540 ได้เริ่มปฏิบัติงานครั้งแรกเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ.2541 สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์" สำนักงานตั้งอยู่ที่ ศาลากลางจังหวัดปัตตานี ชั้น 2 ถนนเดชา ตำบลสะบารัง อำเภอเมืองปัตตานี จังหวัดปัตตานี มีเกษตรและสหกรณ์จังหวัด เป็นหัวหน้าสำนักงาน มีอัตรากำลัง ปี 2559 รวมทั้งสิ้น 20 อัตรา ได้แก่ ข้าราชการ 10 อัตรา ลูกจ้างประจำ 2 อัตรา พนักงานราชการ 4 อัตรา และจ้างเหมาบริการ 4 อัตรา