สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดจัดตั้งขึ้นตามพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2538 โดยกำหนดเป็นส่วนราชการที่มีฐานะเทียบเท่ากองในส่วนราชการบริหารส่วนภูมิภาค สำหรับสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดภูเก็ตได้จัดตั้งขึ้นเมื่อปี 2540 ตั้งอยู่ที่จังหวัดพังงา จนกระทั้งเดือนพฤศจิกายน 2542 ได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ที่ถนนสุรินทร์ อำเภอเมือง จังหวัดภูเก็ต ต่อมาได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ที่ เลขที่ 59/59-30 ถนนบางกอก อำเภอเมือง จังหวัดภูเก็ต และเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2546 ย้ายที่ทำการอีกครั้ง มาอยู่ที่เลขที่ 44 ถนนรัตนโกสินทร์ 200 ปี ตำบลตลาดเหนือ อำเภอเมือง จังหวัดภูเก็ต จนถึงปัจจุบัน