คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 20 สิงหาคม 2534 อนุมัติให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดโดยให้มีการทดลองจัดตั้งใน 4 จังหวัด ที่มีสำนักงานเกษตรภาคตั้งอยู่ก่อนคือ จังหวัดเชียงใหม่ ขอนแก่น ชัยนาท และสงขลา

ต่อมาในปี 2537 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ร่วมกับสำนักงาน ก.พ.ได้ทำการประเมินผลการปฏิบัติงานของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดทั้ง 4 แห่ง ผลการปฏิบัติงานอยู่ในระดับที่น่าพอใจ คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติเมื่อวันที่ 13 กันยายน 2537 เห็นชอบให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดเป็นการถาวรได้ โดยให้รวมงานด้านการปฏิบัติการของหน่วยงานในสังกัดจังหวัด เข้ามาอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด ภายใน 3 ปี

ดังนั้นกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จึงได้จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดขึ้นเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2538 ประกาศในราชกิจจานุเบกษาฉบับกฤษฎีกา เล่ม 112 ตอนที่ 6 ก ลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2538 สำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดปราจีนบุรีจึงได้จัดตั้งขึ้น ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2540 เป็นต้นมา