เกษตรธรรมชาติ คือ ระบบเกษตรที่ร่วมกับธรรมชาติได้อย่างสอดคล้อง สร้างผลผลิตพืชและสัตว์ให้เหมาะสมกับระบบนิเวศของพื้นที่ โดยไม่แบ่งแยกทุกสิ่งออกจากธรรมชาติ พยายามแทรกแซงการใช้ปัจจัยการผลิตและเทคโนโลยีทางการผลิตให้น้อยที่สุด ทำให้ระบบการเกษตรและธรรมชาติเกื้อกูลซึ่งกันและกันอย่างเป็นองค์รวม เพื่อให้เกษตรกรสามารถมีชีวิตอยู่อย่างพอเพียงและพึ่งตนเองได้
รูปแบบการทำเกษตรธรรมชาติ จะเน้นการนำกระบวนการควบคุมธรรมชาติโดยธรรมชาติ โดยไม่มีการใช้สารเคมีในการป้องกันและกำจัดศัตรูพืช รวมทั้งไม่ใช้ปุ๋ยเคมีหรือเทคโนโลยีใดๆ เข้ามาแทรกแซงหรือใช้ในการปรับปรุงทรัพยากรธรรมชาติ การดำเนินกิจกรรมธรรมชาติจะต้องไม่ไถพรวนดิน ซึ่งก่อให้เกิดการทำลายโครงสร้างดิน เนื่องจากธรรมชาติได้สร้างให้ดินมีกระบวนการที่เป็นการไถพรวนในตัวเอง
โดยการชอนไชจากรากพืช สัตว์ แมลง และสิ่งมีชีวิตเล็กๆในดินอยู่แล้ว การไม่ใช้ปุ๋ยเคมีจะมีผลดีต่อโครงสร้างดินและความอุดมสมบูรณ์ของดินในระยะยาว การไม่กำจัดวัชพืชในฐานะที่เปรียบเสมือนเป็นพืชคลุมดิน หรือพี่เลี้ยงให้กับต้นไม้ปลูกใหม่ เกษตรกรต้องเรียนรู้วิธีการใช้ประโยชน์จากวัชพืช เช่น ใช้วัชพืชควบคุมวัชพืช การปลูกพืชบำรุงดินเพื่อควบคุมวัชพืช การไม่ใช้สารเคมีปราบศัตรูพืช ซึ่งเป็นการทำลายสภาพทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม รวมทั้งการปลูกพืชบำรุงดินเพื่อไม่ให้ผิวดินถูกปล่อยว่างภายหลังการเพาะปลูกและเก็บเกี่ยว ซึ่งเป็นผลเสียโดยตรงต่อโครงสร้างและความอุสมสมบูรณ์ของดิน
ทั้งนี้ จะช่วยลดการใช้หรือพึ่งพาปัจจัยการผลิตจากภายนอก และลดการแทรกแซงของมนุษย์ที่มีต่อธรรมชาติให้มากที่สุด โดยหันมาใช้กลไกทางธรรมชาติในการผลิตทางการเกษตร เกษตรกรสามารถประหยัดค่าใช้จ่าย โดยสร้างภูมิคุ้มกันจากต้นทุนทางการผลิต ลดรายจ่ายของครอบครัวโดยไม่ต้องซื้อสารเคมีกำจัดศัตรูพืชหรือปุ๋ยเคมี มีวิถีชีวิตความเป็นอยู่แบบพึ่งพาตนเอง และผลิตเพื่อการบริโภคภายในครัวเรือนและมั่นคงภายใต้ระบบนิเวศที่สมดุลในพื้นที่ของตน