จากสภาพอากาศร้อนชื้นและมีฝนตกในระยะนี้ อาจส่งผลกระทบให้มะละกอเกิดโรคได้ง่าย เกษตรกรผู้ปลูกมะละกอให้เตรียมรับมือโรคใบด่างจุดวงแหวน สามารถพบได้ในทุกระยะการเจริญเติบโตของมะละกอ ระยะต้นกล้า จะพบต้นกล้ามะละกอแสดงอาการต้นแคระแกร็น ใบอ่อนซีดเหลือง เส้นใบหยาบหนาขึ้น ใบด่างเป็นสีเขียวเข้มสลับสีเขียวอ่อน หากโรครุนแรงจะทำให้ใบมีขนาดเล็กลง บิดเบี้ยวผิดรูปร่าง ใบจะหงิกงอ บางครั้งใบเรียวเล็กลงเป็นเส้นยาวแทบจะไม่เห็นเนื้อใบ อาจทำให้ต้นกล้าไม่เจริญเติบโตและตายได้ ระยะต้นโต ใบแก่ขอบใบจะม้วนขึ้นและหยัก ยอดและใบอ่อนเหลืองซีด ใบมีขนาดเล็กลง ก้านใบสั้น ใบด่างเหลืองสลับเขียว ส่วนลำต้นและก้านใบมีรอยเป็นขีดช้ำหรือรูปวงแหวน สำหรับต้นเป็นโรคจะติดผลเร็ว แต่ให้ผลผลิตต่ำหรือไม่ให้ผลผลิต ต้นแคระแกร็น และผลมีจุดวงกลมคล้ายวงแหวน บางครั้งเป็นสะเก็ดวงแหวน หากรุนแรงมากจะเป็นหูดนูนขึ้นมาและผิวขรุขระ ใบและช่อดอกจะหลุดร่วง ไม่ติดผล แคระแกร็น และแพร่ระบาดโดยมีเพลี้ยอ่อนเป็นพาหะนำโรค
เกษตรกรควรหมั่นตรวจแปลงเพาะกล้าหรือแปลงปลูก ทำความสะอาดกำจัดวัชพืชในแปลงและรอบแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ หากพบต้นที่เป็นโรค ให้เกษตรกรรีบถอนหรือขุดนำเอาต้นที่เป็นโรคออกจากแปลงไปเผาทำลายนอกแปลงเพาะกล้าหรือแปลงปลูกทันที เพื่อลดแหล่งสะสมเชื้อไวรัสและแมลงพาหะ และควรทำความสะอาดอุปกรณ์การเกษตรที่ใช้กับต้นที่เป็นโรคก่อนนำกลับมาใช้ใหม่ทุกครั้ง
สำหรับฤดูปลูกถัดไปในพื้นที่ที่มีการระบาดของโรค ให้เกษตรกรหลีกเลี่ยงการปลูกพืชอาศัยของเชื้อสาเหตุโรคใกล้แปลงปลูกมะละกอที่เป็นโรค อาทิ พืชตระกูลแตง พืชตระกูลถั่ว มะเขือเทศ มะเขือยาว ตำลึง หงอนไก่ ลำโพง และบานไม่รู้โรย เกษตรกรควรเปลี่ยนมาปลูกพืชหมุนเวียนชนิดอื่นแทน
นอกจากนี้ เชื้อไวรัสสาเหตุโรคที่ยังไม่มีสารป้องกันกำจัดได้โดยตรง แต่การป้องกันการระบาดของโรคทำได้โดยการกำจัดเพลี้ยอ่อนที่เป็นแมลงพาหะ หากพบให้เกษตรกรพ่นด้วยสารอิมิดาโคลพริด 70% ดับเบิ้ลยูจี อัตรา 4 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารไทอะมีทอกแซม 25% ดับเบิ้ลยูจี อัตรา 4 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารไดโนทีฟูแรน 10% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 20 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารโคลไทอะนิดิน 16% เอสจี อัตรา 15 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร